治疗肺部真菌感染的药物，根据真菌感染的类型而有所不同。如果是肺部念珠菌感染，即白色念珠菌感染，可以选择氟康唑进行治疗。伏立康唑、棘白霉素类的药物对念珠菌感染也有效，但氟康唑最常用且最经济。如果是曲霉菌的感染，则氟康唑无效，必须选择伏立康唑、伊曲康唑或者棘白霉素类的药物，才能有效进行抗曲霉菌的治疗，临床中常用的药物是伏立康唑和伊曲康唑。
除曲菌、念珠菌的感染外，卡氏肺孢子菌的感染也属于真菌感染，需要应用磺胺类药物和棘白霉素类药物进行治疗。肺部真菌感染的药物选择，需要根据真菌感染的类型确定，还需根据患者的肝肾功能情况，选择不同的抗真菌药物。
