沙眼衣原体可以感染不同部位，临床最常见的是性传播途径感染沙眼衣原体。大部分感染后没有症状，不到20%感染者会出现症状。因其没有症状，可能忽略治疗，引起慢性感染，比如女性可能会引起宫颈炎、阴道炎，男性可能会引起尿道炎和睾丸炎。慢性感染状态宫颈炎可能会有下腹疼痛以及不孕不育等危害，少数有明显症状患者，可能有阴道异常分泌物，男性可能会有尿道分泌物。它与淋病不同，淋病是脓性分泌物，衣原体可能是透明清澈的分泌物，可能会伴随排尿时明显的排尿困难症状，还会引起结膜炎和眼睛充血和疼痛。要根据不同部位考虑是否有感染可能性。