蛛网膜囊肿手术有几种方式，有些称为去顶手术，使脑脊液能够进出。有些时候可能无法进行去顶手术，需要将颅骨多处打开促进脑脊液的循环。最好的手段是将整个蛛网膜囊肿、囊壁一起剥除，此时不存在复发的可能性。但是很多的时候手术很难进行，尤其是囊肿在关键区域，无法完全剥除，只能局限性地将囊肿壁打开，从而促进相应循环。但蛛网膜本身会生长，如果打开的缺口不足，部分患者在做完手术后缺口又重新长回，患者又重新恢复蛛网膜囊肿所形成的病理基础，因此囊肿也会出现复发。

但目前微创手术的技巧在不断的提高，所以手术之后复发的概率也越来越低，这一点取决于手术技巧判断以及细节的处理。通常多数患者能够很平稳地度过手术危险期，也不会复发，但是有少数患者确实会发生复发。如果患者复发，又出现了相应的症状，压迫相应功能区，可能需要进行再次手术。