含牙囊肿手术后遗症取决于含牙囊肿的位置，具体如下：

1、如果含牙囊肿在下牙槽神经附近或已侵犯下牙槽神经，则手术就有可能会损伤到下牙槽神经，导致下唇麻木，大部分情况下能够恢复。但如果神经因为手术的原因出现断裂，有可能会出现永久性下唇麻木；

2、如果含牙囊肿在上颌窦或鼻窦位置，则手术存在上颌窦瘘的风险，就是把囊肿切掉后口腔与鼻窦可能形成相互交通的通道。

当然像下牙槽神经损伤的风险，如果神经已经在囊肿范围内，为保护神经通常可能会进行袋形术，即开窗减压，而不是去清理囊壁，这样神经不会受损伤。