抗疟治疗的药物目前主要分为两大类，一大类是青蒿素类药物，也是目前全球范围内使用最多、治疗疟疾效果最好的药物。比如青蒿琥酯、蒿甲醚，进行静脉注射、肌肉注射治疗，也可以使用磷酸萘酚喹、双氢青蒿素哌喹、磷酸咯萘啶等，进行口服治疗。同时这些口服的药物，还可以用作短暂性、预防性的治疗。
另一类药物是用奎宁类，包括二盐酸奎宁、硫酸奎宁等，这些药物主要使用的地域是在法国和前法国的殖民地国家。在药物治疗的过程当中，不仅可以有效的杀灭疟原虫，还可以加强患者的代谢，从而促使有效快速地恢复。
在治疗疟疾的同时，还要采用器官功能保护的药物，比如使用护肝、利尿、贫血、保护脑细胞等药物，从而减少疟原虫在人体寄生，对器官功能造成损害。采用综合药物治疗，可以使得疟疾患者能够快速有效恢复，从而达到治疗疟疾的目的。
