肛周脓肿不论轻重，一旦形成脓，很难自愈，都需要通过手术进行治疗。肛周脓肿越轻，手术效果越好，痛苦越小，愈合越快。因此，一旦形成脓肿，建议及时手术治疗，不要拖延。因为即使靠抵抗力、抗消炎药或外洗、消炎栓把脓肿压回去，但是以后还会再发作，而且下次会更严重，位置越来越高，越来越不好治疗，形成瘘管后会更加复杂，容易在治疗过程中遗漏、复发。
因此，肛周脓肿第一次发作是最佳治疗时机，因为没有多余的瘘管、脓腔需要处理。因此，一旦肛周脓肿形成或者硬结形成，建议及时行手术治疗。脓肿越小，治疗起来效果越好，而且彻底根治还可避免反复发作。如果反复发作，把小病拖成大病，把简单的病拖成复杂的病，治疗起来就会很困难，损伤也大，因此建议及早手术治疗。
