慢性结肠炎的治疗包括中医治疗和西医治疗，中医治疗一般来讲采用有内服药物、灌肠的治疗方法、非药物疗法，可以采用针灸或者穴位贴敷，也都有比较好的疗效。内服药物方面，一般采用辨证论治的方法，多数根据症状和舌象脉象这样辨证。
湿热下注，湿热内蕴时，可以清利湿热；肝郁脾虚时可以疏肝健脾；脾肾两虚时温补脾肾，到后期也可以表现为气血两虚的情况，要补益气血。因为不是所有人都用一种方法，这要采用辨证论治的方法。
西医治疗其药物包括氨基水杨酸盐类、皮质激素类、免疫抑制剂、微生态制剂和生物制剂，还有其他药物。其他药物包括抗生素，短期应用抗生素会有一定的效果，但是不能长期应用。