无痛胃镜虽然能够提高患者舒适度，但是也有风险。所以麻醉医生会对进入诊疗间的患者做心肺功能评估，进行简单问诊，检查过程中也会监测患者生命体征。

无痛风险最常见的是血氧饱和度下降和心律失常。通常氧饱和度下降与误吸或者气道不通畅有关，这种情况出现时需要及时加大给氧量，镇静状态有意识者可嘱患者深呼吸。心律失常中大部分不需要特殊处理，但是如果出现室上性心动过速、室早，比如室早二联律等，这种情况需要应用抗心律失常药物治疗。