十二指肠溃疡通常是胃酸以及幽门螺杆菌感染引起，治溃疡之前一定要达到充分抑酸、根除幽门螺杆菌。抑酸药物通常有H2受体阻断剂以及质子泵抑制剂，H2受体阻断剂抑酸作用相对较弱，包括雷尼替丁、法莫替丁等；质子泵抑制剂如奥美拉唑、艾司奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等，可以根据个人情况选用。

如发现有溃疡，有严重胃黏膜萎缩或有胃黏膜癌变时都要根除幽门螺杆菌，可用四联疗法，即一种PPI、两种抗生素加一种铋剂。此外为了帮助溃疡快速愈合还可以吃保护胃黏膜的药物，如麦滋林、替普瑞酮，这些药物都能起到保护黏膜和促进溃疡快速修复的作用。