蛛网膜囊肿手术主要包括神经内镜微创、囊肿开窗、分流手术或者打通囊肿、脑池、脑沟等，使囊肿的脑积液参与脑部脑积液的正常循环，也可以考虑进行囊肿的穿刺和分流，通过分流手术的方式，能够引流囊肿内的脑积液，使囊肿逐步萎缩、塌陷。蛛网膜囊肿的手术治疗对于儿童的价值更大，因为囊肿比较大的患儿会出现脑组织明显受压，而蛛网膜囊肿进行治疗后，局部的脑组织受压情况得到改善，有助于促进患儿脑组织再次发育。

但是并非发现蛛网膜囊肿后必须进行手术治疗。大部分蛛网膜囊肿属于先天性囊肿，如果并未引起患者发生相应的症状，只是在进行CT或者磁共振检查时意外发现，无需进行手术治疗。只有体积较大且高张力性的蛛网膜囊肿，使患者脑组织受压，出现头痛、头晕等症状，或者引起患者癫痫发作等情况时，才需要进行手术治疗。