杂菌性阴道炎由阴道内环境改变引起。原因较多，比如患者最近免疫力下降、熬夜、没有注意个人卫生、过度进行阴道冲洗、同房频率过高等，阴道内环境改变，出现菌群失调，从而引发杂菌感染。
阴道内乳杆菌可以维持阴道正常的酸性环境，抑制其它病原菌生长。在维持阴道生态平衡中，阴道乳杆菌、雌激素以及阴道pH值起着重要作用。如果患者身免疫力下降，或者由于外来因素导致动态平衡失调，外源性病原体侵入会出现杂菌感染。
如果患者体内雌激素水平较低、阴道pH值改变，不利于乳杆菌生长。此外，长期应用抗生素会抑制乳杆菌生长，可导致患者免疫力下降，条件致病菌成为优势菌，从而引起杂菌性阴道炎。
