主动脉夹层手术后最常见的后遗症是内瘘，较少见的为截瘫等，具体如下：

1、内瘘：是较常见的后遗症，主动脉夹层手术后，需换血管或者用覆膜支架行腔内修复，将动脉瘤隔绝，血液在覆膜支架里走行，若覆膜支架卡不严或者动脉瘤的部位有分支血管，造成动脉瘤继续有血液冲击、血液供应，动脉瘤逐渐增大，可造成夹层破裂；

2、截瘫：少数病人在术后可发生截瘫，脊髓血管是从胸主动脉段的主动脉发出，供应脊髓的血液循环。主动脉夹层后，应用覆膜支架治疗将血管覆盖，在较少见的情况下，造成脊髓供血不足、缺血，有引发半身截瘫的风险；

3、其他：支架的闭塞、血栓形成等都可能造成较严重的后果，但相对发生率较低。