皮下脱敏副作用包括局部不良反应以及全身不良反应，局部不良反应包括局部打针位置皮肤瘙痒、红肿、肿胀、硬结，甚至严重坏死。红肿在24小时之内可自行消退，不影响治疗。如果连续发生红肿反应提示剂量大，应该予以减量或局部对症治疗。全身不良反应分为五级，从零级没有症状或症状比较轻，或与免疫治疗无关，到五级过敏性休克比较严重。轻微局部反应可以给口服抗组胺药物，或者局部冷敷、局部用激素药膏，或调整注射方案即可。对于严重全身不良反应通常在注射之后半个小时之内发生，所以注射之后半个小时避免离开观察区域，有问题要及时找医生处理。

舌下脱敏不良反应相对少，主要包括皮疹、流鼻涕、哮喘发作、咳嗽、困倦、头晕、头痛。还有少见的不良反应，如胃肠道不适、轻度腹泻，个别患儿会发生荨麻疹或哮喘，少数在使用药之后有疲劳感。若用药之后不适可以先口服抗组胺药物，如西替利嗪、氯雷他定之类的药物缓解症状。若每次滴药后均有类似相同症状发生，需要停药到医院就诊。