舌咽神经痛一旦出现，自愈的可能性只有10％-15％，多数患者疼痛的发作次数和频率都会逐渐增加。

出现舌咽神经痛，首先应区别是原发的舌咽神经痛还是继发的舌咽神经痛，可通过影像检查和抽血化验检查明确诊断，原发性的舌咽神经痛存在自愈可能。如为继发性舌咽神经痛，不可能自愈，需要把肿瘤、炎症或者感染等引起继发性舌咽神经痛的原因祛除之后，患者才能好转。