目前能够预防腹泻的疫苗，主要为轮状病毒疫苗。轮状病毒疫苗不能针对所有腹泻有预防作用，仅能针对轮状病毒感染引起的腹泻具有预防作用。如果宝宝本身的消化道功能相对较弱，一般在3岁之内，根据情况在必要时服用轮状病毒疫苗，对轮状病毒感染引起的秋季腹泻，有比较好的预防效果。
如果宝宝由其它原因引起腹泻，目前还没有良好的疫苗进行预防。如果由于肠道的细菌感染，例如大肠杆菌感染引起肠炎，目前还没有疫苗可以使用，主要通过家庭的卫生防护，多洗手，注意入口食物卫生，缓解腹泻。还有些宝宝的腹泻，可能与食物过敏有关，例如进食某些食物过敏，也会出现腹泻，需要通过回避过敏原进行治疗。还有些宝宝出现腹泻，可能与乳糖不耐受有关，需要适当添加乳糖酶，避免由于乳糖不耐受引起腹泻。只有轮状病毒疫苗对轮状病毒导致的腹泻有一定帮助，但对其它原因引起的腹泻则没有作用。
