尿结石根据结石不同部位，疼痛区域也不相同。大多数情况是以腰背部或腰肋区的小腹部疼痛为主。膀胱和尿道结石，主要表现为下腹部疼痛。膀胱结石疼痛随体位改变而变化，因为膀胱是球形，当结石没有嵌顿在三角区后尿道时不会疼痛。而当漏斗状的膀胱结石恰好嵌顿在漏斗出口处时则会产生向龟头、尿道放射的强烈刺痛感。

尿路结石可生长在肾脏内，如输尿管上段、中段、下段，也可以在膀胱生长。结石的部位不同，所产生的疼痛位置不相同。最常见的比如输尿管结石和肾脏结石，疼痛位置在腰腹部、腰背部或腰肋部区域；如果是膀胱结石，在膀胱出口和尿道交界处嵌顿，表现为下腹部疼痛；对于部分患者会引起睾丸疼痛，因为输尿管下段结石，平滑肌和三角区联系在一起，延续到三角区和前列腺位置。所以当输尿管末端结石嵌顿，可放射到睾丸阴囊处疼痛。