肝脓肿痊愈的时间跨度可长可短，短则7-8天，长则可能半年，或1-2年都不能痊愈。另外还可能会出现反复发作，故痊愈时间长短不一。
在肝脓肿的早期，会出现急性感染、高热、严重消耗，此时症状可持续1-3周，到第3周时体温才可逐渐降低。液化前无法进行穿刺或者手术引流，只能靠药物治疗，如果找到原发病菌，比如由细菌性痢疾导致，可进行肠道细菌药敏试验来明确用药。在糖尿病基础上发生的肝脓肿，控制血糖相对较难，因为感染可引起血糖升高，血糖升高后感染也会加重。待用药1-3周后，若脓肿液化后仍在发热，可行脓肿穿刺引流，如果脓肿为单个巨块型，且没有分隔，穿刺后可引流出几百毫升脓液，病人体温会立即降低，术后继续冲洗，可很快得到好转。但脓肿消退较难，待所有脓肿消除，拔除引流管，肝脏仍会有疤痕，大概半年可消失。术后拔管后，该部位或其他部位较易复发，需控制好血糖，避免疲劳、营养不良等。另外，迁延不愈的患者需开刀进行引流，引流后应住院半个月左右，引流后需冲洗，即外科处理。如果拔管后脓肿转好，一般在3个月至半年，脓肿可完全消失，复发率较低。
