儿童矮小原因存在多种，主要有以下几方面：

1、内分泌疾病，包括甲减、生长激素缺乏症、肾上腺皮质功能不足、糖尿病等都可以影响儿童生长发育；

2、慢性系统性疾病，例如先天性心脏病、慢性肝病、慢性肾病等都会导致生长发育障碍；

3、宫内发育迟缓，此类儿童出生时身长、体重比正常儿童小，如果不能实现生长追赶，容易导致身材矮小；

4、染色体基因方面缺陷，例如特纳综合征、21-三体综合征等；

5、骨骼发育异常，软骨发育不良会影响生长；

6、中枢神经系统疾病，如特发性矮小等可以影响生长发育。

当儿童生长矮小时，应注意及时查明病因，针对病因进行相应治疗。