儿童肥胖会引起个子矮小，过了青春期后肥胖的儿童通常会比较矮小，由于生长激素是影响儿童身高的重要激素，如果比较肥胖，生长激素的水平就会降低。生长激素常在夜间分泌，尤其后半夜时会出现分泌高峰时期，所以保证儿童的睡眠非常重要。肥胖的儿童，其生长激素分泌的高峰会消失，没有明显的峰值，所以生长激素会受影响。

由于肥胖的儿童受血糖和精氨酸的影响，所以生长激素的分泌不旺盛。但是早期肥胖的儿童由于发育较早，所以可能较高，但经过一段时间发育，如青春期后会出现肥胖的儿童较矮小。