皮脂腺囊肿通常不会癌变，因其为皮脂腺堵塞造成，并无癌变基础。目前癌症研究并不透彻，但尚未发现皮脂腺囊肿癌变病例。若皮肤上有黑色素瘤可能容易发生癌变，皮脂腺囊肿发生癌变暂无文献报道。

若包块经鉴定为肿瘤，此时需考虑之前包块并不是皮脂腺囊肿。皮脂腺囊肿表现为包块内反复流出液体，但若无此现象，患者需至医院进行鉴别诊断。