如果患者眼压持续增高导致角膜内皮损伤，继而可以引发大泡性角膜炎，此时可以给予降低眼压的药物进行处理，但通常效果比较差。所以对于大泡性角膜炎的治疗原则是观察患者是否有疼痛，如果疼痛比较严重，可以给予角膜层间烧灼破坏大泡。因为疼痛的原因是大泡破裂以后角膜神经暴露，如果角膜上皮愈合，神经不再暴露，疼痛也会缓解。
如果大泡性角膜炎发作的频率比较高，可以进行层间烧灼或者睫状体冷冻，使眼压降低，但属于破坏性手术，可能会使房水生成减少，视力会受到影响。另外，可以选择进行角膜内皮移植。因为大泡性角膜炎是由于角膜内皮损伤导致，如果可以做角膜内皮移植，对于大泡性角膜炎则属于治疗的根本方法。
