大部分慢性肛裂均需手术治疗，而急性肛裂建议先经过保守治疗，即药物坐浴、局部应用膏剂，部分病人能得到明显缓解而最终治愈。慢性肛裂即肛裂持续很长时间，肛门溃疡已经出现慢性化的表现，出现三联征，即裂口外缘有一个小肿块，此种溃疡面，如伤口面有纤维化组织的包裹，此时再予以保守治疗、药物治疗，效果较差。

部分专门治疗肛裂的药物，如硝酸甘油软膏，其目前有效率约40%，即对大部分患者效果不强，因此肛裂，尤其慢性肛裂，建议首选手术治疗。手术治疗引起的疼痛比慢性肛裂排便时的强烈疼痛轻，急性肛裂则建议首选保守治疗。