通常骶管囊肿不会自动消失，骶管囊肿的发病原因目前尚未明确，大致推测可能与骶管附近的炎症、外伤或者运动不当等相关。骶管囊肿包括和脑脊液相通的类型，以及和脑脊液不相同的类型，但无论是否相通，骶管囊肿自动消失的可能性都比较小。

因为相通时脑脊液可以自动流入到囊内，而且囊肿自身分泌的囊液也会存在，所以绝大多数骶管囊肿不能自行消退。当患者产生临床症状时，可以通过介入或者外科手术进行治疗，从而缓解相关症状。