肛周脓肿最佳治疗方法是予以切开引流，属于全球共识。肛周脓肿一旦诊断成立，应该及时予以切开引流，即手术治疗，只是不同单位、不同医生，可能对肛周脓肿切开手术的具体方法有所差异。有人可能是脓腔全层切开，创面比较大，有人可能是间段、跳跃性切开，创面稍小，但治疗原则都是要彻底引流。
有些医院或者医生可能仅仅予以切开引流，切开以后将脓液彻底清除为目的，也有的医院可能在手术中，探查、寻找肛瘘内口，即引起肛周脓肿的病原。一般病原都是在括约肌间，肛隐窝腺的位置，肛隐窝腺感染是绝大多数肛周脓肿的病因，如果找到内口可能会进行肛瘘治疗，穿过内口进行刮治、引流或者直接切开。
目前，国际上还有相应报道，肛周脓肿形成以后可能予以穿刺，在脓腔内放置比较微细的引流管予以引流，这种手术方式虽然比较少，据报道效果较好，但是在国内尚没有进行广泛开展。总体来说，肛周脓肿治疗方式建议切开引流，也必须予以切开引流，不建议用口服抗生素或者输液治疗。
