小儿阴茎发育不良的处理或干预有年龄限制。小儿＜14岁时，一般不进行过多干预。如果＜14岁小孩比较肥胖，建议积极锻炼，消耗身体脂肪，尤其耻骨前脂肪，使阴茎显露出来，而且锻炼本身也会激发睾丸发育或者促使其进入青春期，通过上述处理，大部分小孩阴茎短小都可以得到缓解。
男孩超过14岁，外生殖器还没有变化，睾丸大小、第二性征都没有出现变化，阴毛也没有出现，这时一定要带小孩到医院进行诊断、治疗。诊断主要是鉴别或者检查睾丸分泌睾酮的能力，如果这时睾丸分泌睾酮非常低，可能要用促进睾丸分泌睾酮的药物。使用药物3-6个月后，进行专科医学检查，观察男孩血液里性激素的变化。如果没有变化，则需延长治疗期，如果有变化，已经启动青春期，可以停止使用。