若因内分泌疾病导致骨质疏松，治疗时先需对因治疗，即去除导致骨质疏松的病因。较多内分泌腺体疾病会导致骨质疏松，需对此异常腺体疾病进行治疗，如库欣综合征可能是垂体ACTH瘤，亦称库欣氏病，此肿瘤异常分泌激素从而导致骨质疏松的表现。此时需通过神经外科手术切除肿瘤，切除后患者临床表现和异常激素分泌、生理生化改变皆会恢复正常。
对因治疗后还需进行抗骨质疏松治疗，抗骨质疏松治疗包括基本生活方式调整，钙剂、维生素D补充及一些抗骨质疏松药物的使用，这些治疗皆应在内分泌专科医生指导下进行。
内分泌疾病引起骨质疏松时先需明确引起骨质疏松的内分泌疾病及腺体疾病，如库欣综合征、性腺功能减退症、席汉综合征及甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症，在未得到较好控制时，这些疾病皆可导致骨质疏松，老年糖尿病病人亦是引起骨质疏松较常见病因。
