小儿肛瘘原发灶多在肛内肛窦，多由肛窦内肛腺感染引起，肛瘘发作时以肛周肿痛流脓为主要症状，如果出现流脓症状时说明肛瘘正处于发作期，肛瘘流脓症状通过保守治疗或随炎症消退慢慢出现流脓停止，属于肛瘘静止期，随原发病灶肛窦再次感染会出现肿痛流脓症状。

因此肛瘘整个发病过程往往分为发作期和静止期交替，肛瘘肿痛、流脓症状消失并不意味肛瘘已经治愈，只是肛瘘炎症暂时缓解，并且往往只是暂时，肛瘘一旦形成一般很难治愈，往往需要手术治疗。