肾囊肿最主要的问题是判断囊肿的良、恶性。多数囊肿为良性，但有少数囊肿有恶性的风险。影像学检查肾囊肿时，有Bosniak分级，分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级，级别越高，恶性的可能越大，所以首先通过CT、核磁影像学检查，初步判断囊肿的良、恶性。对于怀疑恶性的囊肿，需提高警惕。

多数的Ⅰ级良性囊肿患者，需定期复查，了解囊肿大小变化趋势，通常囊肿表现为缓慢增大，若囊肿是每年1-2cm以上的速度快速进展，可能需要干预。少数的囊肿位置不佳，可引起肾盂压迫、肾脏积水，需积极处理。对于多数的囊肿不需要特殊处理，但对于怀疑恶性或者有压迫的囊肿，需提高警惕，及时干预。