胃窦溃疡在一定条件下有可能癌变，但癌变比例不高，不超过1%。如果为浅表性溃疡，一般不会发生癌变。如果溃疡较深，侵犯到黏膜下层以及黏膜肌层，或溃疡较大，超过2cm，则癌变几率较大。
如果发现胃溃疡后，应给予系统、全面的抑酸、改善胃功能、保护胃黏膜的治疗，平时保持健康的饮食起居，不熬夜、不抽烟喝酒，少食用或不食用油炸、刺激性食物以及油腻食物，保持稳定情绪、愉快心情等，多数溃疡会达到临床治愈。
因此，胃窦溃疡患者应该到正规医院请专业医生诊治，按医嘱服用药物，定期复查胃镜，监测病情变化情况，发现病情变化及时治疗，可以显著降低癌变风险，甚至可以终身不发生癌变。如果正规治疗后，胃溃疡仍反复发作，不见缓解，且溃疡＞2cm，可能需要外科手术介入治疗，以防止溃疡恶变。