尿道结核通常与其他细菌感染引起的尿道炎症状类似，均可出现尿频、尿急、尿痛等刺激性症状。尿道中的感染性病变通常会导致剧烈尿痛，在排尿过程中以及排尿结束后，可以出现明显的尿道内刺痛，或烧灼感的灼痛，有些疼痛比较剧烈，可能导致患者不敢上厕所。

尿道结核多数源自肾结核，以及膀胱结核，即结核菌先累及肾脏，之后尿液带结核菌不断往下排，从而影响到输尿管、膀胱，最终影响到尿道，有时可能也会影响到男性生殖系统，引起输精管、附睾等结核样改变。结核病是全身多系统、多器官受累的疾病，尿道结核症状通常与膀胱结核、肾结核等症状比较类似。