小儿房间隔缺损可以自愈，如果诊断为房间隔缺损，应密切追踪、随访，定期复查心脏彩超，观察心脏结构和功能的变化情况。部分小儿随着时间推移，房间隔缺损会逐渐自愈，不需要进一步手术干预。
部分小儿在定期随访过程中，房间隔无较大变化，房间隔缺损仍＞5mm。如果小儿年龄在1.5-2.5岁以上，房间隔缺损无自愈、闭合可能，可以进行先心介入封堵手术，后期可以进行心脏外科房间隔修补手术，进一步处理房间隔缺损情况。
部分小儿仍存在房间隔缺损，缺损面积较小，缺损房间隔直径＜5mm，同时未合并严重的心脏结构和功能异常，不需要手术治疗，定期追踪、随访即可，观察房间隔缺损情况。如果房间隔缺损为3-5mm，也可以长期定期随访，不需要做进一步特殊处理。
