支气管内膜结核与肺结核的治疗方法一样，主要采用抗结核药物进行早期、联合、足量、足疗程的治疗。疾病的主要特点是病人出现明显的咳嗽症状，可表现为较剧烈或长期、慢性的咳嗽，而且通过咳痰排出结核菌，传染的风险较高。除积极的抗结核治疗外，还要针对伴随症状进行控制，如使用止咳药物进一步缓解病情。

通常积极的抗结核治疗3-6个月，病变会得到较为明显的控制，传染性也会有明显的下降。支气管内膜结核比较明显的传染性，因此痰液的抗酸菌检查较为重要。