3岁宝宝咳嗽经久不愈，原因如下：

1、上气道咳嗽综合征：由于鼻炎、鼻窦炎或腺样体肿大、慢性扁桃体炎导致咳嗽症状反复出现；

2、咳嗽变异性哮喘：存在过敏史，儿时曾反复出现湿疹或荨麻疹或对牛奶、蛋白过敏史；

3、呼吸道异物：如果进食瓜子、花生时呛入。如咳嗽时间较长，需进行影像学检查如胸片。若未明确病因及病灶位置，需进一步行肺部CT明确诊断；

4、反复呼吸道感染：如感冒未愈，再次出现新病毒或细菌感染，导致症状反复出现。此时患儿病程较长，导致气道黏膜纤毛对痰液清除功能、气道黏膜屏障功能下降，因此对局部细菌清除能力下降，引发咳嗽经久不愈。