眼肌型重症肌无力复发的处理措施，取决于患者之前眼肌型重症肌无力的治疗方法。如果之前眼肌型重症肌无力没有治疗，这时复发后可先给予少量胆碱酯酶抑制剂补充乙酰胆碱，改善症状。如果之前对于眼肌型重症肌无力，已经使用胆碱酯酶抑制剂，又出现复发，而且症状较重，可能考虑使用糖皮质激素预防反复复发。

另外，预防眼肌型重症肌无力向全身型重症肌无力转化，如果在复发前，眼肌型重症肌无力已经使用胆碱酯酶抑制剂和糖皮质激素，但是仍然复发，就可能需考虑加用免疫抑制剂，比如硫唑嘌呤、利妥昔单抗或是他克莫司等抑制免疫药物。如果复发较严重，出现全身型重症肌无力或是重症肌无力危象，可能考虑静脉使用免疫球蛋白或静脉进行血浆置换治疗。