如果医生对于男性受检者进行规范操作，则操作过程中患者的痛苦感较小；而女性尿道较男性短、宽，对于部分女性，甚至不应用局部表面麻药也能完成膀胱镜检查，而且没有痛苦。

膀胱镜检查疼痛程度与病人自身生殖解剖、自身病变、医生的选择，以及操作者技术、临床经验有关。如果男性进行膀胱镜检查，感受不适的程度会比女性病人更重，原因为其尿道相对长、细。膀胱镜检查需要在患者尿道黏膜应用表面局部麻药，麻醉后5-10分钟进行整个膀胱镜的检查操作。操作中操作者动作一定要轻柔，切忌暴力，对于尿道一定要按照正常腔道顺势而进。