怀孕41天，对于月经周期相对较规律的孕妇，应该是5个孕周多，不到6周，在不到6周时有褐色分泌物，常见的情况如下：

1、生理现象：正常妊娠也会出现阴道有褐色分泌物的情况，受精卵着床时可能有少量出血，缓慢地流出来，到患者能看见时便表现为褐色的分泌物，不代表绝对的异常；

2、病理现象：需要判断是否伴有腹痛，先兆流产也有出血的表现，但可能有些轻微或其他程度的腹痛。胚胎停育的早期表现也是如此，并且也有宫外孕的可能，所以41天时有褐色分泌物，需要综合判断，是否伴有腹痛，查血HCG值、孕酮，还需要做B超检查，判断宫内是否有胎囊、卵黄囊，若宫内没有还要寻找宫外妊娠的可能，所以41天有褐色分泌物应去医院检查。