绝大多数患者肛瘘手术愈合时间都在四周以上，肛瘘手术不同于痔疮手术，肛瘘手术对肌肉会造成影响，切除范围和切除窦道比较深，尤其对于复杂性肛瘘。普通性低位单纯性肛瘘一般4-5周的时间基本上完全愈合，但是高位复杂性肛瘘，特别深、窦道也特别长的肛瘘，可能一个月也不会完全愈合，甚至两个月时间也不一定能完全愈合。
复杂肛瘘患者可能采取挂线手术方式，挂线患者在术后两周左右可能需要第一次紧线，甚至需要2次、3次紧线，愈合时间相对较长。期间是否一定要住院或者生活影响特别大，多数患者在愈合期间受影响比较小，比如术后第二天可以正常吃饭、走路、排便、洗澡，影响比较小。
肛瘘手术做完以后，患者完全可以洗澡，对于窦道不会造成任何影响。总体来说，肛瘘愈合时间跟窦道长度、深度都有密切关系，窦道越深、窦道越长、窦道范围越大，可能愈合时间会长，简单肛瘘大概在3-4周可以愈合。
