山慈菇的主要功效是清热解毒、消肿散结，主要适用于各种痈疮肿毒，包括毒虫咬伤、瘰疬痰核、梅核气、咽喉疼痛等病症。

解毒作用除瘰疬痰核治疗，比如结核、慢性咽炎、扁桃体炎、中耳炎等以外，现在更多考虑抗癌作用。山慈菇具有比较强的抗癌作用，主要用于肝硬化、食道癌或者食道癌阻滞的治疗，有消肿散结、宣通作用，所以食道癌阻滞的时候，山慈菇比较常用。

另外，妇科肿瘤，比如子宫颈癌也常应用山慈菇。山慈菇抗癌作用受到重视。在用山慈菇抗癌时，建议适当配伍调节免疫扶正的药物一起应用，效果会更好。