幽门肌肥厚以及幽门管腔狭窄之后，胃内容物不能顺利地进到十二指肠，病人会出现进行性加重的非胆汁性呕吐，为先天性肥厚性幽门狭窄最具特征性的临床表现。刚出生的新生儿奶量较少，强有力的胃蠕动还可以将稀薄的奶汁挤到十二指肠。因此病人出生以后，近期没有症状，到吃奶以及大小便均正常时，随着热量增加、奶量增加以及黏膜水肿加重以后，管腔更加狭窄。

多数病人在出生之后2-3周开始出现呕吐，刚开始表现为溢奶增加，后来逐渐演变成频繁呕吐。几乎每次吃奶以后几分钟就出现呕吐，为喷射性呕吐。呕吐可以喷到几尺以外，呕吐量较大，有奶块和酸臭味。呕吐以后宝宝求食欲强，吸吮也有力。

患者梗阻部位在十二指肠乳头近端，为胆道开口位置的近端。随着呕吐加剧，奶和水的摄入不足，患儿大便、小便量减少。刚开始患儿会有体重不增，以后出现体重下降，出现营养不良、脱水、消瘦、皮肤松弛。大量胃酸丢失以后病人会出现代谢性酸中毒，表现呼吸浅慢、手脚抽搐，晚期可以消耗自身组织。