输尿管体外碎石在70-80年代出现时，是非常好的技术。但随着技术的应用，输尿管体外碎石也发现存在很多问题，最大的问题是碎石效率较低。很多病人需要碎2-7次，而且每次碎石时还需要有安全的间隔期，如肾结石，可能需要两周的间隔期，输尿管结石则需要一周的间隔时间。
体外冲击波碎石会给泌尿系统，尤其是输尿管带来一种新的损害，称缺血再灌注损伤。随着每次冲击波对输尿管管壁的打击，都会带来一次缺血灌注中断。冲击波作用停止后，微血管又开始重新恢复灌注，反反复复的刺激和作用，会出现缺血再灌注损伤，会导致输尿管狭窄、缺血、坏死。所以未来有可能会出现新的输尿管管壁僵化、平滑肌纤维化，动力、蠕动能力下降。临床影像学上通常会发现输尿管狭窄，上段出现新的肾积水问题。所以如果一个结石需反复多次体外冲击波碎石治疗时，不建议继续，建议进行内镜手术。
