输尿管结石体外碎石治疗可引起输尿管的水肿，同时还可导致肠道的损害，部分患者甚至可出现大便潜血等症状。若输尿管结石位置较高，接近输尿管上段，碎石时可能引起患者咳血，但咯血症状往往出现在肾脏上盏结石碎石治疗中。多数不良反应可自行恢复，因此体外冲击波碎石治疗时间间隔一般在1-2周以上，以有效避免对脏器的损伤。