扁桃体结石取出手术有点疼，如果结石较少，在门诊直接取出扁桃体窝的1个或2个结石，一般不会喷麻药。如果扁桃体结石比较多，一般术前会局部喷麻药，让咽喉部的黏膜有肿胀等不适感觉。但是在取扁桃体结石的时候，疼痛会明显好转。一般情况下，扁桃体结石取出并不多。

扁桃体结石患者大部分有慢性扁桃体炎，一般建议患者把扁桃体切除。扁桃体切除后不会有慢性炎症产生，也不会有结石存在。