细菌性肝脓肿最常见的致病菌是肠道细菌，而其中最常见的是大肠杆菌。肝脓肿发生的原因主要有身体抵抗力下降和存在感染渠道。

门静脉系统和肠道相连，如果患者存在痔疮、肛瘘、阑尾炎等感染性疾病的情况下，细菌通过血液回流到肝脏，通过门静脉感染肝脏，细菌感染的肝脏发炎则会形成细菌性肝脓肿。肠道感染时，肠道细菌也可以导致细菌性肝脓肿。