肛瘘的前期症状是疼痛，肛管通畅，不严重一般无疼痛，肛门局部略有肿胀感，行走时可加重。若外口封闭，瘘管积存脓液或者粪便进入瘘管都会疼痛加重，或排便时疼痛加重。而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排便时疼痛加重。一般新生成的瘘管排脓较多，脓汁黏稠，黄色味臭，瘘管日久排脓相对较少，时有时无，稀淡如水。若容量增加，则表示新生的瘘管形成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升以后封闭的瘘口破溃又排出脓液，也可以从瘘口排出气体或粪便。还有就是当侵犯范围较大较深或支管较多时，反复炎症感染，会导致消瘦、贫血、便秘、排便困难等全身症状。