门静脉栓塞主要依靠药物治疗，但是出现门静脉高压，静脉侧支循环导致消化道出血的危险，或出现肠系膜静脉淤血，可能要通过手术或介入TIPS进行治疗。TIPS是指经颈静脉穿刺门体分流手术，可以通过颈静脉穿刺到下腔静脉，在下腔静脉肝脏处，对准门静脉的部位穿刺。穿刺后使下腔静脉和门静脉沟通，再在内部放置人工血管支架。通过通路可以在门静脉，注入溶栓的药物将血栓消融。

总体而言，门静脉栓塞的治疗方法不多，且TIPS具有一定风险。如果没有消化道出血的风险，通常尽量考虑药物治疗。药物主要为抗凝药物，如华法林、低分子肝素钙、利伐沙班、阿哌沙班或者达比加群等。