若患者存在急性化脓性扁桃体炎或急性扁桃体炎，怀疑是由于细菌感染引起，患者不存在青霉素过敏的情况下可以考虑使用阿莫西林进行治疗。若患者在感冒多发的季节，可能会由于感染性的因素而导致咽痛，且扁桃体的表面会存在分泌物，伴有化脓表现或咽痛较明显。患者在进行血常规检查时发现C反应蛋白、白细胞总数以及中性粒细胞增加，在怀疑为细菌感染时，并且在无青霉素过敏史的情况下，可以考虑口服阿莫西林进行药物治疗，并且患者也可以配合使用传统的中药，如清热解毒类药物，以缓解急性扁桃体炎的症状。
患者还可能由于慢性扁桃体炎或其他因素造成扁桃体炎，如患者由于过敏因素、胃食管反流刺激或其他不良嗜好而造成慢性扁桃体炎，此时患者仅口服阿莫西林无效。所以阿莫西林仅针对细菌感染造成的急性炎症表现存在疗效。
