小儿先天性心脏病，通常在儿童专科医院的小儿心内科治疗，部分医院会有小儿先天性心脏病门诊或者小儿心脏外科。因为小儿先天性心脏病在后期大部分需要进一步的干预，包括介入治疗或者外科手术治疗。因此小儿先天性心脏病可以挂先天性心脏病介入门诊，或者挂心脏外科门诊。

部分先天性心脏病介入门诊归于儿童心内科，经过专业儿童心脏科的医生进行进一步评估，便可以告知家长，是需要追踪随访还是择期进行手术治疗。因此这部分患儿在专业的心内科医生指导下，开展正规的治疗和随访，大部分都可以治疗，甚至存在自愈的可能性。大部分小儿通过先天性心脏病介入手术或者外科手术干预，预后都比较良好。