消化内镜科是进行内镜检查的场所和科室，部分医院将消化内镜归在消化内科，隶属消化内科的部门，而部分医院的消化内镜中心与消化科为两个部门。消化内镜科主要进行消化内镜的操作、检查和治疗，如胃镜、肠镜、十二指肠镜以及胰胆管疾病的内镜诊断和治疗，常见胃镜检查和肠镜检查。

胃镜主要用于检查食管、胃和部分十二指肠疾病。肠镜主要进行结肠疾病的检查和诊断。另外根据情况，少部分患者可能需要进行小肠镜检查，胆胰疾病的患者可能需要进行十二指肠镜检查，通过十二指肠镜进行胰胆管的逆行性造影，甚至可以做胆道镜检查。