子宫内膜异位症复发率较高，因目前无根治子宫内膜异位症的办法，手术无法达到根治，而药物治疗在停药后往往很快复发，如口服避孕药、长效GnRHa，停药后出现月经，子宫内膜异位症也会慢慢复发。也有数据提示，手术后大约有50%的患者在5年内会复发，故子宫内膜异位症对女性而言，尤其是育龄期女性，是常见的治疗较困难的疾病。

但子宫内膜异位症也可控制，目前提倡与疾病共存，即虽无法治愈，但可控制在对患者身体影响的最小范围，尤其是准备生育的女性，可积极地促进生育，在怀孕过程中病情可得到控制。进行手术的女性需遵从医嘱，因子宫内膜异位症需长期管理，需在妇科医生的指导下尽量减缓或减轻患者复发。