中耳胆脂瘤手术复杂，中耳孔小洞深，有许多重要的器官与其比邻。大血管有颈内动脉、颈内静脉，神经有面神经、鼓索神经、颞叶脑组织，这些都是术中要尽可能避免的损伤。中耳手术要根据胆脂瘤侵袭的范围程度来定，手术要彻底清除中耳病变，清除胆脂瘤、脓液，包括鼓室、鼓窦、乳突。乳突有很多蜂窝状的小气房，将其打通成为大的腔，这样有利于炎性脓液向外引流，也有利于术后在门诊清除病变。
鼓室根据胆脂瘤破坏的程度和鼓室条件来决定是否行鼓室重建，根据听小骨的破坏程度和鼓膜残留的多少，来决定是否用听小骨或者进行鼓膜修补。通过这些方法可以有效地通畅引流，还可以提高或者保留听力，根据鼓室的条件、听小骨破坏程度、鼓膜残留的多少来决定是否做鼓室成形、人工听小骨、鼓膜贴补等。通过上述手段希望尽可能地通畅引流、清除病灶，保存或者提高听力。中耳手术复杂要尽可能保护重要的组织不受损伤，尽可能清除病灶、保存听力，通常建议患者到有资质级别高的医院就诊。